Troppo di tutto è pericoloso, e questo vale per colon, sistemi di pulizia. A volte la gente tende a fare oltre certi farmaci o clistere. L'uso regolare di lassativi e clisteri non è consigliabile, perché di uno due punti possono perdere la sua capacità di svuotare normalmente. Uso regolare di un lassativo come senna è noto per essere dura e può irritare il tubo digerente inferiore. Si può portare a diarrea, che in ultima analisi può portare a minerale squilibrio nel corpo.
Stitichezza può essere causata da altri motivi come farmaci, problemi alla tiroide o diabete. In tali casi le persone dovrebbe trattare la causa e non immediatamente utilizzare una pulizia del colon. Forse il più grande pericolo coinvolto nella pulizia del colon si trova nel prendere qualche forma di farmaco o sistema senza consultare un medico qualificato. Anche se sono disponibili kit di clistere USA e getta, è sempre preferibile consultare un medico qualificato prima di somministrare un clistere. Lo stesso vale per le altre forme alternative di medicina, che dovrebbe essere presa in consultazione con professionisti qualificati.